IFMSA-Argentina es organizada, al igual que a nivel mundial, por una directiva nacional compuesta por la Junta Ejecutiva (Presidente, Vicepresidente de asuntos internos, Vicepresidente de asuntos externos, Tesorero y Secretario General), Oficiales Nacionales de cada comité permanente (NPO, NOME, NORA, NEO, NORE y NORP) y directores de las Divisiones de Soporte.

Asimismo, IFMSA-Argentina está articulada en:

1- Sus organizaciones locales, que representan a un establecimiento educativo y agrupan a miembros individuales. (IFMSA – Tucumán, IFMSA – Salta, IFMSA – La Plata, IFMSA – UBA, IFMSA – Rosario e IFMSA – La Rioja)

2- Los miembros asociados, quienes representan a un grupo de personas que funciona bajo una consigna relacionada a la salud (ej.: sociedades científicas, ONG´s, otras asociaciones, etc.)